1621年，培根被国会指控贪污受贿，被高级法庭判处罚金四万磅，监禁于伦敦塔内，终生逐出宫廷，不得任议员和官职 。虽然后来罚金和监禁皆被豁免，但培根却因此而身败名裂 。从此培根不理政事，开始专心从事理论著述 。
1626年3月底，培根坐车经守伦敦北郊 。当时他正在潜心研究冷热理论及其实际应用问题 。当路过一片雪地时，他突然想作一次实验，他宰了一只鸡，把雪填进鸡肚，以便观察冷冻在防腐上的作用 。但由于他身体孱弱，经受不住风寒的侵袭，支气管炎复发，病情恶化，于1626年4月9日清晨病逝 。
培根死后，人们为怀念他，为他修建了一座纪念碑，亨利·沃登爵士为他题写了墓志铭：
圣奥尔本斯子爵
如用更煊赫的头衔应
称之为“科学之光”、“法律之舌”
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