北大师生一再向教育部请愿，要求挽留蔡校长，其他院校师生也一齐声援 。6月15日，蔡元培发表《不肯再任北大校长的宣言》，宣泄对于军阀统治的不满 。他称“我绝对不能再作那政府任命的校长”，“为了北京大学校长是简任职，是半官僚性质，便生出许多官僚的关系，那里用呈，那里用咨，天天有一大堆无聊的照例的公牍……”
后来，北大师生代表到杭州恳请，蔡元培才肯回校 。回校前，他发表《告北大学生暨全国学生书》，在肯定五四运动成效的同时，劝告学生，专研学术才是救国的长远之计，不可本末倒置 。
然而，现实终究是另一番景象 。在当时的社会环境下，学生不仅很难平衡学术和救国，还可能走向“政治激进” 。
蒋梦麟回忆，“五四”胜利之后，北大一些学生“沉醉于权力，自私到极点”，比如要求学校津贴春假中的旅行费用、学生活动的经费、免费发给讲义 。
因教育经费的问题，蔡元培多次提出辞职 。1922年10月，北大发生了讲义风潮 。当时北大的学费很低，政府又常常拖欠办学经费 。为开源节流，校评议会成员联合提议向学生收取讲义费 。没想到数十名学生到校长室抗议，咄咄逼人，根本不听蔡元培的详细解释 。蔡元培气得撸起袖口，眼看要和学生“决斗”，这才震慑住闹事者 。蔡元培痛心疾首，当天写下辞职文，后经胡适调停，他才返校复职 。
1923年1月，曾任北大教授的财政总长罗文干含冤被捕 。因不满行政对司法的干涉，蔡元培发表辞职声明 。他以《易经》“小人知进而不知退”解释自己的动机和立场 。他说，在黑暗的势力面前，知识分子的“退”有时比“进”更重要 。
政府保留了他的校长职位，校务实由蒋梦麟代理 。1927年，蔡元培的校长名义正式取消 。

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北大校园中的蔡元培塑像 。
对于任期内的改革成果，蔡元培并不满意 。他在晚年回忆整顿北大的经历时指出，自己在北大主要做了几件事：第一是设立研究所，第二开放女禁，第三倡导新文化运动 。“只可惜上述这些理想，总没有完全实现 。可见个人或少数人的力量，终是有限 。”胡适后来也用“开风气则有余，创造学术则不足”总结北大那几年的成绩 。
不可否认的是，蔡元培的教育改革历久弥新，影响深远，极大推动了中国社会的发展 。美国哲学家杜威评价：“以校长身份，而能领导那所大学对一个民族、一个时代，起到转折作用的，除蔡元培外，恐怕找不出第二个 。”
毛泽东称赞蔡元培为“学界泰斗、人事楷模” 。“沧海动风雷，弦诵无妨碍 。到如今费多少桃李栽培，喜此时幸遇先生蔡 。”北京大学建校20周年时，有校友通过歌词表达对蔡元培的感激之情 。直到今天，在北大校园里，蔡元培先生的雕塑前总是摆满着鲜花 。

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