一文搞清蛋白质相互作用的研究方法 | 实验时间(11) 相当多的蛋白质行使功能的

如果说，之前的实验都是用一把枪，瞄准对面山头的敌人然后各个击破，那么质谱的方法就是拿了一门炮，将对面山头的敌人一网打尽。AP-MS 的方法还有很多变种。

比如利用一些可以对周围蛋白进行生物素标记的酶，我们可以将目标蛋白与这些酶融合表达，那么，在细胞内，这些融合蛋白就可以对目标蛋白附近的所有蛋白打上亲和素的标记，然后通过生物素与亲和素超强的亲和性，我们可以大幅提高 AP-MS 鉴定的灵敏度，在冲洗非特异性结合的时候，我们就不用担心弱相互作用被我们丢失，这类方法叫做邻近标记（proximity labeling）- 质谱法。

狗哥帮助大家把主流的研究蛋白质相互作用的方法都梳理了一遍，从此导师再也不会担心我的课题了，不过关于实验设计，还是需要严谨，对照的设计，实验重现性，bait-prey 的互换等等都需要大家在做实验之前认真探讨和考虑。