单基因干湿结合发4分SCI ? ：单基因干湿结合发4分SCI?今天

原标题：单基因干湿结合发4分SCI?

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今天和大家分享的是2020年7月份发表在Aging杂志上的一篇文章“Higherexpressionofcelldivisioncycle-associatedprotein5predictspoorersurvivaloutcomesinhepatocellularcarcinoma”(IF=4.831）。文章中作者基于304例HCC肿瘤样本的TAM数据以及TCGA数据库进行了CNV、miRNA和甲基化分析，揭示了CDCA5上调表达导致HCC患者生存较差的潜在机制。
Higherexpressionofcelldivisioncycle-associatedprotein5predictspoorersurvivaloutcomesinhepatocellularcarcinoma
高表达细胞分裂周期相关蛋白5与肝细胞癌生存较差有关
一、研究背景
肝细胞癌（HCC）是最常见的肝癌形式，当前关于HCC的肿瘤学研究的主要目的是了解HCC进展的病理生理机制。细胞分裂周期相关蛋白5（CDCA5），也被称为由CDCA5基因sororin编码，胞外信号调节激酶（ERK）使Ser209处的CDCA5磷酸化可以抑制肺癌细胞的增殖，这在诱导CDCA5的外源表达后被逆转。 CDCA5在各种人肿瘤组织中显著上调，包括肺癌，口腔鳞状细胞癌，膀胱上皮癌和胃癌。这些发现表明CDCA5作为癌症的重要致癌启动子。但是CDCA5调节HCC肿瘤发生的潜在机制仍不清晰。
二、研究思路

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三、结果解读
1、CDCA5在肝癌中的临床意义
为了评估CDCA5在肝癌中的临床意义，使用TMA检测了CDCA5的表达，纳入了HCC样本（n=304）和癌旁组织（n=50）。结果表明， HCC样品的CDCA5表达升高。同时，通过GEO数据集的进一步验证了肿瘤组织中CDCA5的表达更高。

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图1.GEO数据集中CDCA5的相对mRNA表达
通过根据X-tile软件设置的最佳临界点将患者分为亚组，发现较高的CDCA5表达与较差的OS和DFS结果相关。此外，多因素Cox回归分析表明CDCA5作为OS和DFS的独立危险因素的重要性。

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图2.CDCA5在肝癌组织中上调，并预测较差的生存结果
2、CDCA5促进肝癌形成的潜在机制
为了阐明CDCA5促进肝癌形成的潜在机制，使用RNAseq分析了CDCA5高和低组的基因表达（以CDCA5低组为参考， 1652个基因上调（≥1.5倍），而1885个基因下调（≥1.5倍）。 GSEA分析表明，在CDCA5表达较高的患者中，与细胞周期， DNA复制和p53通路有关的基因显着富集。

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图3.鉴定CDCA5高和低患者之间差异表达的基因
这三种途径中基因的热图表明，高表达CDCA5患者的这些基因具有显著性差异，表明CDCA5充当p53途径下游目标并通过激活肿瘤细胞增殖促进HCC癌变的可能。

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图4.参与DNA复制和p53通路之间的基因表达分析
3、不同CDCA5表达的HCC突变特征
通过基于TCGA数据集的SNP数据的基因分析研究，提供了HCC中驱动基因的突变情况。为了找到与CDCA5表达相关的重大突变事件，分析了具有不同CDCA5表达（高vs.低）的HCC的突变特征。值得注意的是，高CDCA5组的样本中有超过一半在TP53中发生了突变事件。

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图5.通过CDCA5表达分层的HCC亚群中的显着突变的基因
【单基因干湿结合发4分SCI ?】具有较高CDCA5表达的肿瘤在TP53中显示出统计学上较高的突变负担，同时在高CDCA5肿瘤中也观察到了抑癌基因RB1的较高突变负担。有趣的是，在CDCA5表达较低的患者中， CTNNB1的突变负荷较高。

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表1.高低表达CDCA5患者的突变频率
4、CDCA5表达与CNV的相关性
HCC广泛拷贝数改变会增加的基因组不稳定性。为了确定CDCA5表达与CNV之间的相关性，使用GISTIC2.0分析了各个染色体区域的拷贝数扩增和缺失。结果表明CDCA5高表达患者中有1035个基因显示出拷贝数缺失，而CDCA5低表达患者中的基因数目为436 。此外， CDCA5高表达患者缺失区域内的133个基因在RNAseq中显示出一致的表达模式，这意味着这些基因的差异表达可能部分是由于拷贝数缺失所致。同时， CDCA5高的患者异常扩增区域内的基因数量为1245 ，这表明这些基因的差异表达可能部分是由于拷贝数扩增所致。尽管有一些基因显示出RNAseq和CNV结果之间的一致性，但CDCA5高表达的患者从RNAseq鉴定出的大多数异常表达基因不受CNV的影响。